A destruição das florestas tropicais é uma questão ambiental de importância global. Esse processo tem raízes históricas profundas, com estudos recentes explorando o papel da colonização europeia e da expansão capitalista no impulso ao desmatamento tropical a partir do século XVI. No entanto, menos atenção tem sido dada à forma como a resistência indígena impediu o desmatamento durante esse período. Aqui, analisamos como grupos indígenas não estatais obstruíram o controle político espanhol e português e as fronteiras comerciais na América do Sul tropical. Com base em fontes arquivísticas, juntamente com a filosofia indígena Guarani e Paiter Suruí e a história oral, avaliamos esse fenômeno em dois biomas, as florestas tropicais atlânticas e amazônicas. Os resultados destacam que, ao longo do tempo, a resistência indígena ajudou na conservação das florestas tropicais sul-americanas, atuando como um fator significativo — mas pouco reconhecido — na história ambiental regional e global. Essa história é de particular importância, dado o crescente reconhecimento do papel dos povos indígenas na conservação das florestas tropicais como sumidouros de carbono no século XXI.